A região de Água Boa era primordialmente habitada por índios da região do Xingu, muito provavelmente tendo desaparecido tribos inteiras, como os povos tsúva e marajepéi. No século passado a região passou a ser habitada pelo povo indígena xavante. Ainda hoje o povo xavante habita em área indígena, ocupando a Reserva Areões. Os primeiros movimentos do homem branco na região remontam ao ano de 1673, quando Manoel de Campos Bicudo teria descido o rio das Mortes em busca das lendárias Minas dos Martírios. Mais tarde, por volta de 1752, as penetrações de garimpeiros sob o comando de Amaro Leite Moreira, atingiram território que hoje constitui o município de Água Boa. Precisamente devido à mortandade acontecida por doenças entre os companheiros, Amaro deu o nome ao curso d'água de Rio das Mortes. Passaram-se séculos, sem que se registrassem fatos históricos de maior relevância. Em 1932, Hermano Ribeiro da Silva encontrou dois garimpeiros na proximidades da Cachoeira da Fumaça no Rio das Mortes, sinal de que havia movimento na região. No tempo da Segunda Grande Guerra Mundial a região da Água Boa foi inspecionada pelas Forças Armada à procura de um lugar mais seguro para, em caso de necessidade, transferir a capital da República, na época cidade do Rio de Janeiro. Também com essa finalidade de defesa, em 1944, a Expedição Roncador-Xingu atingia a região de Água Boa. No avanço da Expedição Roncador-Xingu aconteceu o primeiro encontro de que se tem notícia de membros do Serviço de Proteção aos Índios e o povo xavante, encontro denominado "pacificação". A denominação de Água Boa ocorreu por ocasião de abertura da BR-158. Um homem chamado Manoel, canalizou um córrego, fazendo a água passar pela frente de seu rancho à beira da estrada. Utilizava a água para uso doméstico, para criação de porcos e de gado. O rancho do Manoel ganhou nome como Pousada dos Viajantes. Naquelas paragens o povo conhecia o dono da Pousada como Mané da Água Boa. Manoel foi aos poucos ampliando um comércio e assentou um posto de gasolina no ponto da pousada. O posto de combustível passou a ser conhecido regionalmente e ganhou o "status" de ponto de referência dos limites entre Água Boa e Canarana. Em 1975, novos contingente de colonos incrementaram a região a ponto de constar Água Boa nos mapas cartográficos. Água Boa tornou-se marco na tomada de posse da fronteira agrícola do Estado de Mato Grosso. A fundação do núcleo urbano de Água Boa se deu a 9 de julho de 1976, sendo essa a data comemorativa do aniversário do lugar, como resultado dos esforços de urbanização de Leronz, Waldemar Galle, José Ferrari, Cândido Zenon e Arnaldo Lowe. Com 4 anos apenas de atividade urbanizadora, Água Boa foi localidade elevada diretamente à município, preterido o estágio de distrito, tal a vetorização do movimento desenvolvimentista. A Lei n.º 4.166, de 26 de dezembro de 1979, de autoria do deputado estadual Ricardo Corrêa, criou o município: "Artigo 1º - Fica elevada à categoria de município, com o nome de Água Boa, a Vila do mesmo nome, situada no município de Barra do Garças, do qual foi desmembrada. Parágrafo Único - O município de Água Boa, constitui-se de um só distrito, com o nome idêntico ao de sede..." O município foi instalado a 31 de janeiro de 1981, por força da Lei Complementar Federal n.º 01, de 09 de novembro de 1967.

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