É controvertida a origem do topônimo Baependi. Segundo uns, seria derivado de mbae (coisa), pe (interrogativo) e nde (tua) e significaria: que gente e essa (tua) ou pertence-te isto? - pergunta que teria sido feita a um indígene pelos primeiros civilizados que andaram pela região. Para outros - Teodoro Sampaio, inclusive - , e uma corruptela de mbae-pindi o limpo em alusão a uma clareira na mate marginal do rio Grande, facilitando o caminho dos descobridores. Há outras interpretações, todavia. As primeiras referências sobre o território que atualmente compreende o Município datam dos primeiros anos do século XVII. Segundo certos autores, a bandeira de André Leão, partindo de São Paulo, em 1601, seguiu o curso do Paraíba, desde o lugar onde atualmente e São José dos Campos, até Cachoeira, e galgando a serra da Mantiqueira, rumou para Pouso Alto e Baependi. A partir desta data, seu nome começa a aparecer nos relatos dos sertanistas. Em 1646, Jaques Félix - ou Félix Jaques, segundo Diogo de Vasconcelos - recebeu a incumbência de procurar minas andou pelos sertões de Guaratinguetá e chegou até o planalto do rio Verde. Dizem que Baependi já possuía, em 1681, alguma criação. Em ano anterior a 1694, andou também pela região Bartolomeu da Cunha, a procura das riquezas ali existentes. Quanto ao povoamento, antiga tradição diz que em 1692 Antônio da Veiga, seu filho João da Veiga e Manuel Garcia partiram de Taubaté rumo ao sertão, para captura de silvícolas. Empolgados por informações referentes à existência de ouro além da serra da Mantiqueira, incursionaram pelo rio Verde e deram a um tributário deste 0 nome de Baependi. Admite-se que o desbravador se tenha estabelecido no local mais tarde conhecido como o Engenho. Depois, atraídos pela noticia da descoberta de ouro naquelas paragens, outros colonizadores fundaram uma pequena povoação, a que denominaram Baependi, e edificaram uma capela, sob a invocação de Nossa Senhora de Montserrat. Sabe-se que entre os primeiros povoadores estão Tomé Rodrigues Nogueira do Ó e sua esposa Maria Leme do Prado. Não se sabe ao certo por que nem quando vieram, embora estes fatos não devam ter ultrapassado a primeira metade do século XVIII. Em 1814, foi o arraial elevado à categoria de vila, completando a 19 de julho de 1964 o seu 150.° aniversário. Quinze anos depois, josé Marques da Rocha apresentou projeto de criação da nova província, formada por Baependi, Lorena, Guaratingueta, Bananal, Areias, Cunha, São João do Príncipe, Ilha Grande, Parati, Valença Resende e Campanha. O fato não se consumou, embora outras tentativas ocorressem anos mais tarde, sem lograrem, contudo melhor sorte. A revolução de 1842 teve repercussão no Município, onde os rebeldes, ainda que conseguissem êxitos parciais, foram batidos pelas tropas legalistas. Formação Administrativa e Judiciária O DISTRITO foi criado por Alvará de 2 de agosto de 1752 e o Município pelo Alvará de 19 de julho de 1814, com território desmembrado do de Campanha da Princesa, mais tarde Campanha; sua instalação se verificou a 23 de outubro do mesmo ano. O Decreto-lei número 148, de 17 de dezembro de 1938, tirou-lhe parte do território para formar o Município de Conceição do Rio Verde. Mais tarde (divisão territorial - qüinquênio 1949/53), perdeu o distrito de Cruzília (ex-Encruzilhada) elevado a Município. Em 1961, o seu distrito de São Tomé das Letras ganhou autonomia administrativa. Atualmente é composto de um único distrito. Em sessão ordinária de 8 de abril de 1854, a Câmara municipal de Baependi resolveu pedir, através rio Presidente da Província, à Assembléia Provincial, a criação de uma comarca local. O atendimento veio com a Lei n.° 719, de 16 de maio de 1855, que dizia em seu paragráfo 13: "Os Municípios de Baependi, Aiuruoca e Cristina formarão a Comarca de Baependi". O Decreto n.° 1 642, de 22 de setembro de 1855, classificou-a como de lª entrância . Pela última reforma judiciária, a Comarca de Baependi abrange três termos: Baependi (sede), Cruzília e São Tomé das Letras e foi classificada como de 2ª entrância.