A partir de 1942, o governo brasileiro buscou Ter um sítio seguro para a transferência da capital do Brasil, em caso de problemas maiores de guerra. O governo mascarou as expedições do Exército com o projeto de desenvolvimento da região, com a célebre Marcha para o Oeste, de Getúlio Vargas. A expedição Roncador-Xingu permeou a região sob o comando do coronel Vanique. Nasceu a Fundação Brasil Central, com o objetivo de contatar pacificamente o povo indígena xavánte e assentar 200 famílias, que sofreram desapropriação nos Estados de Goiás e Maranhão. Essa migração ocorreu a partir de 1946. Como resultados da falta de planejamento, poucas famílias permaneceram na região as gramíneas da região, uma típica, denominada canarana. A localidade de Canarana foi fundada a 1º de maio de 1975, sendo então gerente executivo dos projetos da Coopercol, o pastor Norberto Scwantes. A 5 de julho de 1975, acontecia no município gaúcho de Não Me Toque, a criação da Cooperativa Agropecuária Mista Canarana Ltda - Coopercana, que desenvolveria projetos na região de Canarana e também em outros pontos do Estado de Mato Grosso. A Lei n.º 3.762, de 29 de junho de 1976, criou o distrito de Canarana, com território jurisdicionado ao município de Barra do Garças. Em 30 de Dezembro de 1978 foi constituída a Comissão Emancipadora e em 11 de Novembro do ano seguinte realizou-se a consulta popular para a criação do município, com apoio quase unânime da população. A 28 de abril de 1979, inaugura-se o Cartório de Registro Civil e em 10 de novembro do mesmo ano foi instalada a Exatoria Estadual. A 15 de junho de 1980, inaugurou-se o primeiro banco em Canarana, o Banco Financial S/ª Por fim, a Lei n.º 4.165, de 26 de Dezembro de 1979, de autoria do deputado Ricardo Corrêa e sancionada pelo governador Frederico Campos criou o município: "Artigo 1º - Fica elevado à categoria de municípios, com o nome de Canarana, o distrito do mesmo nome, criado como unidade integrante do município de Barra do Garças. Artigo 2º - Nos termos da Lei Complementar Federal n.º 01, de 09 de novembro de 1967, o município será instalado no dia 31 de Janeiro de 1981, com a posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, a serem eleitos a 15 de novembro de 1980..." O primeiro prefeito municipal eleito foi o Sr. Luiz Cancian. Em 1º de Janeiro de 1989 perdeu parte de seu território para a instalação do município de Ribeirão Cascalheira. No ano seguinte, no dia 14 de julho, foi instalada a Comarca no município, seguido da instalação do Cartório Eleitoral, a 19 de julho de 1991. O município de Canarana participa do Parque Nacional do Xingu e da Reserva Biológica de Quelônios.

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