Caputira teve origem no antigo povoado de Santa Helena da Cabeluda, formado numa região de passagem de tropas. Em 1868, tornou-se freguesia de São Francisco do Vermelho, e em 1875, recebeu o nome de freguesia de Santa Helena do Manhuaçu. Teve seu nome mudado para Amazonita em 1923, retornando 4 anos mais tarde para a denominação original. Em 1943, vinculou-se ao município de Matipó, e teve a sua emancipação formalizada em 1962.