A respeito dos habitantes primitivos da região do município de Cocalinho, se tem nomes citados pelos paulistas como índios araés, caiapós e corarás. Provavelmente se trata do povo indígena karajá o primitivo da região, também o povo xavánte ocupou a região. Ainda hoje parte da tribo xavánte ocupa a Área Indígena Pimentel Barbosa, no oeste do município. . Plantada às margens do histórico e belo Rio Araguaia, a cidade de Cocalinho viu passar nas águas araguaianas muitas páginas da história mato-grossense. A região tomou impulso com a chegada de goianos e maranhenses, no entanto, o desenvolvimento ocorreu de forma lenta e gradual. A ocupação aconteceu relativamente cedo, em comparação a outros municípios da região leste e nordeste mato-grossense, pois em 26 de abril de 1928, o governo do Estado, através do Decreto-Lei-Estadual n.º 808, reservaram uma área de terras de 1.800 hectares para a povoação de São José do Cocalinho - a primeira denominação. Neste mesmo ano, a 01 de agosto, a Lei Estadual n.º 1.012, criava o patrimônio de São José do Cocalinho, com território jurisdicionado ao município de Registro do Araguaia. No entanto de 1948, com a extinção de Araguayana e a criação do município de Barra do Garças, o povoado de São José do Cocalinho passou a integrar o território do novo município. A região tomou impulso na década de quarenta, por ser a região de Barra do Garças escolhida como pólo de desenvolvimento da região leste/nordeste do Estado de Mato Grosso. A comunidade se movimenta com anseios de emancipação, e dada à grande extensão territorial do município, era preciso uma administração centrada com interesse do lugar. E assim, após consagrado esforço político, em 13 de maio de 1986, através da Lei Estadual n.º 5.009, de autoria da bancada do PFL, PMDB e PDS e sancionada pelo governador Júlio Campos, foi criado o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Cocalinho, desmembrado do município de Barra do Garças. Artigo 2º - O município ora criado é constituído de um só distrito, o da Sede... Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada de conformidade com a legislação federal." A instalação solene do município deu-se a 01 de fevereiro de 1987, com a posse do primeiro prefeito, Sr. Nicanor dos Santos e a Câmara Municipal de Vereadores.