A extensa região que compõe o território municipal foi habitada por povos indígenas da nação tapirapé. A primeira denominação do núcleo de povoação que originou o atual município de Confresa foi Vila Tapiraguaia - fusão dos termos Tapirapé e Araguaia. Tratava-se de referência ao Rio Tapiraguaia, um tributário formador da Bacia do Tocantins, para a qual o município contribui com diversos galhos de rios. A vida organizada deu-se a partir das atividades da Colonizadora Confresa, que na década de setenta vislumbrou o surgimento de uma cidade na região. Com o passar dos anos a Vila Tapiraguaia foi mudando de nome. As pessoas diziam "...vamos lá na Confresa", numa referência à companhia povoadora, acabando por vingar a Segunda denominação, que a comunidade acatou oficialmente. O primeiro morador da comunidade foi o Sr. Arlindo Carlos da Cunha, pelos idos de 1978. O maior fluxo migratório deu-se a partir do ano posterior. Verificou-se que o maior contingente populacional proveio do nordeste brasileiro, Bahia, Maranhão e Pernambuco. A Lei Municipal n.º 92, de 17 de abril de 1990, criou o distrito de Confresa, com território jurisdicionado ao município de Santa Terezinha. Na época vicejava a comunidade de Veranópolis. A maior festa religiosa do município é a de Nossa Senhora Aparecida, comemorada anualmente a 12 de outubro. A 20 de dezembro de 1991, a Lei Estadual n.º 5.908, de autoria dos deputados Antônio Joaquim e Jaime Murarão, sancionada pelo governador Jaime Campos, criou o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Conferia, com território desmembrado do município de Santa Tremesinha... Artigo 2º - O município ora criado é constituído de dois distritos, da Sede e de Veranópolis. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada conforme a Legislação Federal." No período em que foi instalado, o município apresentava-se deficitário nos setores essenciais. A rede de energia elétrica não atendia as mínimas necessidades, sendo feita através de um geradora de energia. As demais possuíam gerador próprio, dependendo das condições financeiras de cada um. Não existia na zona urbana do município rede de iluminação pública. Os primeiros representantes do poder executivo e legislativo municipal foram eleitos no dia 30 de outubro de 1992, tiveram muito trabalho para organizar os setores essenciais de atendimento à comunidade. Ao certo procuraram dar rumo ao novo município, dotando-o da infra-estrutura necessária para seu desenvolvimento. O primeiro prefeito municipal foi o Sr. Gaspar Domingos Lazari, que teve como vice João Beckaman.