Surgiu da elevação do distrito de Costa Marques a categoria de município em 1981, desmembrando-se do município de Guajará-Mirim. Sua base geográfica fica no vale do rio Guaporé, sendo sua sede administrativa a cidade mais importante na margem desse rio. A região limitada pelo município começou a ser ocupada a partir do fim do século XVII, intensificando-se no século XVIII, inicialmente se estabeleceram os espanhóis fundando as missões de São Simão, na foz do rio Corumbiara, e de São Miguel na foz desse rio e de Santa Rosa, a uns 4 Km abaixo da atual cidade de Costa marques. A denominação de Costa Marques foi dada pelo Governador do Estado de Mato Grosso em homenagem ao homem público, Dr. Joaquim Augusto da Costa Marques, sexto presidente desse Estado no período de 1911 à 1915. Ao ser elevado o distrito de Costa Marques a município, manteve esta denominação. Fonte: cnm.org.br