A primeira ocupação foi em 1725, quando Sebastião Leme do Prado assentou acampamento às margens do Rio Manso, em busca de ouro e diamantes. O povoado se instalou em uma área estratégica para o comércio: sua estrada fazia ligação com regiões importantes, sendo passagem obrigatória para as tropas. Já em 1734, o lugarejo foi elevado à categoria de vila, e passou a ser chamado de Couto de Magalhães. Sua primeira capela é dedicada a Nossa Senhora da Conceição, ao redor da qual cresceu a vila. Em 1962, recebeu o nome de Couto de Magalhães de Minas, em razão da existência de uma cidade de mesmo nome em Goiás, e se emancipou de Diamantina