Existem várias versões sobre a origem do município. A primeira é a de que, em 1674, a bandeira de Fernão Dias Paes Leme, transpôs a Serra da Mantiqueira e fundou Ibituruna, depois fundou Santana do Paraopeba, passando por Bonfim em direção ao Sumidouro. Dois portugueses dessa bandeira, vindos de Alcobaça (Portugal) atraídos por pepitas de ouro, seguiram um ribeirão de águas límpidas onde em suas margens fixaram suas residências e ali ergueram uma cruz. Mais tarde, o lugar ganhou o nome de Santa Cruz das Águas Claras. Outra versão afirma que a fundação do município se deve ao fato de dois integrantes de uma Bandeira vinda do Sul, em direção aos sertões de Goiás atraídos pela beleza do lugar e principalmente pelo ouro que se encontrava no ribeirão, se desligaram da mesma e fundaram um povoado às margens deste rio. Em 27 de dezembro de 1948, o distrito de Crucilândia foi elevado a município pela Lei Estadual Nº 336. O nome já era Crucilândia desde 1943. O primeiro Prefeito foi um Intendente designado pelo Estado Sr. Moacir Flores. O Primeiro Prefeito eleito pelo povo foi o Sr. Ronam Gumercindo de Souza e o Vice-Prefeito o Farmacêutico João Bartolozzi. Juntamente com Crucilândia, outros nomes foram expostos para escolha de uma comissão local. Entre eles Campina Verde, e Entrocamento. Foi escolhido Crucilândia, pelo motivo de antigamente ter tido o lugar o nome de Santa Cruz, e também porque a padroeira da cidade é a Santa Cruz.