O local onde se encontra Dom Joaquim fazia parte de um rota que vinha de grandes cidades, como Ouro Preto, Mariana, Sabará, Rio de Janeiro, Conceição do Mato Dentro, Serro, Diamantina. Era uma rota de mercadorias, como sal, açúcar, tecidos e joias. Toda a região pertencia ao portugês João Lopes de Albuquerque. Por volta de 1750 o português Domingos Barbosa de Carvalho apossou-se de uma sesmaria de mata virgem próxima ao Rio do Peixe onde ergueu uma capela dedicada a são domingos e ao redor da qual se formou o arraial de São Domingos do Rio do Peixe. Em 1818, o arraial muda de localização, devido a problemas de falta de água, uma vez que já se achava no alto de uma colina. O terreno do segundo arraial foi doado pelo também português João Lopes Albuquerque. Em 1870, desmembrado de Conceição do mato dentro, é levado a freguesia, quatro anos depois de ter sido designado o primeiro vigário para o local, o Padre Firmiano.