A região onde hoje se encontra o município foi anteriomente habitada por índios maxacalis ou pataxós. Suas origens históricas estão ligadas ao processo de colonização empreendido nas terras banhadas pelo rio Jequitinhonha, por volta de 1804, tendo à frente o alferes Julião Fernandes. Um chefe indígena se revoltou contra o alferes e fundou uma aldeia chamada Água Branca, atual Joaíma. Mais tarde, quando Joaíma se desmembra de Jequitinhonha, Felisburgo passa a integrá-la como distrito. Em 1923, o povoado, que era até então conhecido como Rubim, tem sua denominação alterada para Felisburgo. Em 1962, passa à condição de município.