O território do município foi imemorialmente habitado por povos indígenas xinguanos. Nos dias de hoje estes povos ainda habitam a sua região de origem, no Parque Nacional do Xingu, que avizinha-se das propriedades rurais de famílias que desbravaram a região e cultivam lavouras e também dedicam-se à pecuária. Esta região foi historicamente perlustrada por expedições exploradoras, desde o início do século XIX, tornando-se célebre a viagem de Antônio Peixoto de Azevedo. O interesse econômico, deu-se por ocasião da chamada "Terceira Borracha de Mato Grosso", quando o território, hoje pertencente ao município de Feliz Natal, foi movimentado por seringueiros que extraíam látex de seringueiras (havea) nativas, que abundavam nas matas. Afora estas citações, a salvo algumas não registradas pela historiografia regional, o território só passou a despertar interesse a partir da metade deste século. Foi neste período que desencadeou-se, por conta do governo de Mato Grosso apoiado pelo governo federal, o ciclo de colonização incentivada, que culminou com o povoamento de imensos vazios demográficos, até então somente ocupados por povos indígenas, numa fauna e flora totalmente intocadas. O processo de ocupação efetiva desta imensa região deu-se após o povoamento dos núcleos de colonização de Sinop, Cláudia, Santa Carmem e Vera, município do qual desmembrou-se Feliz Natal. A colonização do atual município de Feliz Natal deu-se praticamente por famílias que vieram da região sul do Brasil. O município foi criado através da Lei Estadual n.º 6.684, de 17 de novembro de 1995, de autoria dos deputados Ricarte de Freitas e Roberto França, sendo sancionada pelo governador Jayme Campos: "A Assembléia Legislativa do Estado de Mato Grosso, tendo em vista o que dispõe o artigo 42 da Constituição Estadual, aprova e o governador sanciona a seguinte lei: Artigo n.º 1 - Fica criado o município de Feliz Natal, com sede na localidade do mesmo nome, com área desmembrada do município de Vera. Artigo n.º 2 - O município de Feliz Natal é constituído de um só distrito, o da sede... Artigo n.º 5 - O município ora criado será instalado com a posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, cuja eleição será simultânea com a daqueles municípios já existentes." Em 3 de outubro de 1996 ocorreram as primeiras eleições municipais no município de Feliz Natal. O primeiro prefeito eleito foi o peessedebista Antônio Domingos Sebastiani, tendo na vice Adão Pasador, também do partido governista. A instalação oficial deu-se no dia 1º de janeiro de 1997, quando foi instalada também a primeira Câmara Municipal de Vereadores, dando início assim aos trabalhos legislativos e executivos, que visaram dar a infra estrutura necessária ao desenvolvimento comunitário.