Data de 1915 o período que marcou o início do povoado que se transformou no município de Flexeiras. Naquela época, uma fazenda existente no lugar onde hoje é a prefeitura passou por fase de grande desenvolvimento. Aumentou o número de moradias e da população, formando-se, inclusive, um pequeno comércio que, aos poucos, foi tomando maiores proporções. Em pouco tempo o lugarejo já tinha características de povoado e ficava à margem direita do rio Jitituba. O topônimo antigo foi "frexeiras", em virtude do grande número de árvores existentes na região nas quais brotavam frechas semelhantes às canas-de-açúcar. A história não registra porque a grafia do nome foi alterada. No período entre 1930 e 1935 foi elevado à condição de vila de São Luiz do Quitunde. Assim constava na divisão administrativa do Brasil em vigor no ano de 1955. O município só conseguiu autonomia administrativa através da lei 2.216, de 18 de abril de 1960, ocorrendo a instalação oficial a 1º de junho do mesmo ano, desmembrado de São Luiz do Quitunde e integrado, além do distrito sede, pelo povoado de Messias (elevado à condição de município dois anos depois).