As primeiras referências da origem do município datam de 1825, quando se deu a construção da primeira capela. Somente trinta anos depois o povoado é elevado a freguesia, com o nome de São Francisco de Aguapé, fazendo parte do município de Boa Esperança, com o nome de São Francisco do Rio Grande. Em 3 de fevereiro de 1924, o distrito foi elevado a município, passando a chamar-se Guapé. A construção de uma represa, para instalação da Usina Hidrelétrica de Furnas, idealizada pelo ex-presidente Juscelino Kubitschek no fim dos anos 50, provocou a inundação de 206 quilômetros quadrados do município, um terço da área total. Porém a inundação pelas águas de Furnas provocaram um atraso no desenvolvimento da cidade. Pontes e estradas hoje submersas foram substituídas por balsas, e das cinco estradas de acesso a cidade, apenas uma é pavimentada. Furnas inundou Guapé e a má administração da cidade dos tempos da inundação até hoje não soube correr e exigir de Furnas, e dos governos Federal e Estadual, obras de infra-estrutura, como pontes e estradas pavimentas. O café, que é sua maior riqueza, foi roubado, quando uma quadrilha de ladrões desviou o café da [Coocafeg (Cooperativa dos cafeicultores de Guapé)] deixando vários produtores lesados e com grande prejuízo. O município, situado entre os rios Grande e Sapucaí, teve grande parte de suas terras e sua própria sede inundadas. Foi, então, construída uma nova cidade em local mais alto. Hoje o município possui, para entretenimento de sua população e dos visitantes, o Ipê Clube Campestre Guapé, próximo à represa de Furnas, o Parque Municipal do Paredão com três cachoeiras de rara beleza.