O primeiro morador a se fixar nas terras férteis onde atualmente se encontra o município foi Raimundo José de Souza. Sua chegada data de 1822, quando, ao procurar no pequeno catecismo o santo do dia, verificou ser este santo Estêvão. Dessa maneira, foram assim nomeados o ribeirão que por ali passava e o povoado recém-formado. Em 1844, os posseiros que residiam na região construíram uma capela, depois substituída por uma maior. O distrito foi criado em 1923, com a denominação de Boachá, devido a um ribeirão e uma tribo indígena locais, mas retornou ao seu primitivo nome em 1925. A denominação foi mudada, em 1943, para Iapu. Em 1948 o distrito de Iapu eleva-se a município.