A região onde se encontra o atual município está situada à margem esquerda do rio Jequitinhonha, tendo sido pouso de tropeiros que transitavam de Minas Gerais para a Bahia e pertencia, inicialmente, ao município de Salto da Divisa. Em 1932, várias famílias se estabeleceram na área e logo o povoado se desenvolveu. As terras para a construção da diocese foram doadas por uma fazendeira local. O primeiro nome da região foi Palestina, tendo pertencido ao município de Vigia, hoje, Almenara. Em 1948, passa a município, já com a denominação de Jordânia. A população de Jordânia, em seus hábitos de vida e gosto musical, mantém características culturais baianas, reafirmando a proximidade geográfica daquele Estado.