O distrito de Pirapetinga foi criado em 1864. Em 1923, já com o nome atual, Manhumirim se emancipou. O missionário Padre Júlio Maria de Lombaerde chegou em março de 1928 à cidade. Sua obra constitui o legado mais importante do município, que possui hoje, em sua homenagem, a Sala Histórica Padre Júlio Maria, contendo seus objetos pessoais.