O povoado que deu origem à cidade de Marliéria chamava-se Onça Grande. Em 1865, Germano de Sousa Baltazar chegou ao povoado e, dizendo-se médico, logrou grande sucesso financeiro, tornando-se em pouco tempo um grande proprietário local. Germano Baltazar doou três alqueires de terra para a construção de uma capela dedicada a N.Sra. das Dores. As obras, porém, foram abandonadas devido à transferência do doador para outra região. Em 1891, o povoado foi elevado à categoria de distrito com o nome de Babilônia. Em 1923, o distrito teve a sua denominação mudada para Marliéria e, trinta anos depois, foi elevado à categoria de município.