O território era ocupado por povos indígenas xinguanos, que movimentam sua região de origem desde tempos imemoriais. Modernamente os primeiros povoadores da região vieram do município gaúcho de Nonoaí. A grande dos primitivos migrantes de Nova Guarita, ao virem à Mato Grosso, estavam ocupando áreas indígenas demarcadas. Ocorre que no Rio Grande do Sul, até os índios são organizados e defendem seus direitos a qualquer custo, se preciso, até a força. A permanência de "brancos" em território demarcado provocou a ira dos kaingangue, povo indígena da região sul do país, culminando com a expulsão de milhares de colonos daquela reserva. Os governos federal e estadual (RS), no afã de resolver o problema, criaram mecanismos de assentamento de famílias em outras áreas da federação. O desbravamento efetivo ocorreu a partir de 1979-1980. As primeiras famílias assentadas dedicaram-se a agricultura de subsistência, apesar das dificuldades de acesso. A BR 163 estava em fase de execução, e a falta de se regular os meios de escoamento de safras desestimulou o povo agricultor. Um fato mudou toda a trajetória história do lugar: o descobrimento de ouro. Pessoas afeitas à lavoura e que nunca tinham visto uma pepita de ouro, a não ser no cinema, a não ser de "ouvir contar", tornaram-se garimpeiras da noite para o dia. As adversidades da lavoura eram muitas, e um dia de sorte no garimpo poderia singnificar a redenção financeira. Desta forma, a grande maioria dos homens loiros e olhos azuis não teve dúvida. Deitou a mão à bateia. Entregaram-se de corpo e alma à nova atividade. O solo rico em ouro tornou-se a principal fonte de renda do povoado. Corrutelas garimpeiras pipocavam nos mais diversos lugares, graças e facilidade de se encontrar o precioso metal. Dos primitivos colonizadores gaúchos pouca gente restou. A maioria deixou a região, ficando poucos remanescentes. A maioria das famílias que deram estabilidade social e econômica vieram por conta própria, a procura de melhores condições de vida. São oriundos dos Estados de Santa Catarina, Paraná, Rio Grande do Sul e São Paulo. Por muito tempo o lugar ficou conhecido como Vila Guarita, numa homenagem feita à cidade gaúcha de Guarita. Vila Guarita cresceu e a comunidade reclamou a emancipação. A Lei n.º 5.899, de 19 de dezembro de 1991, de autoria do deputado Lincoln Saggin, e sancionada pelo governador Jayme Campos, criou o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Nova Guarita, com território desmembrado dos municípios de Terra Nova do Norte, Colíder e Peixoto de Azevedo. Artigo 2º - O município ora criado é constituído de um só distrito, da Sede. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada de conformidade com a Legislação Federal." A comemoração mais festiva do lugar é a Festa dos Migrantes ocorrida em outubro. Por ocasião das eleições municipais de 03 de outubro de 1993, o Sr. Aloir José Luke foi eleito primeiro prefeito municipal, tendo na vice o Sr. Cláudio Goulart.

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