O território do município de Nova Marilândia foi imemorialmente ocupado pelo indígena paresí, que recebeu esta denominação ao tempo das "Entradas e Bandeirantes". Na verdade este povo indígena se autodenomina halíti. Nos dias de hoje vivem em reserva especialmente demarcada. A extensa região do território de Nova Marilândia teve movimentação acentuada na lida garimpeira. Vários mouchões diamantíferos foram trabalhados ao longo dos anos. A atividade garimpeira permanece até os dias atuais. Os mouchões revoltos por garimpeiros guardam história antiga, sem povoamento definitivo. A ocupação efetiva iniciou-se a partir da construção da linha telegráfica na região, no começo deste século. Foi trabalho desenvolvido pelo Marechal Rondon, e equipe que implantou as Linhas Telegráficas estratégicas do Mato Grosso ao Amazonas. O desenvolvimento propriamente dito foi retardado, somente a partir da década de cinqüenta ocorreria a fundação do núcleo original de povoação. O forte fluxo migratório é que forçou esta iniciativa. O lugar escolhido pelos povoadores, na verdade garimpeiros foi a confluência do Rio São Francisco com o ribeirão Maria Joana. Neste lugar encontraram muitos indícios de riqueza mineral. Abundava o diamante. A notícia, a exemplo do que ocorre em todos os garimpos, sem exceção, correu mundo. Foi pouco o tempo e logo contavam-se centenas, milhares de pessoas interessadas neste pedaço de chão. Era a esperança do enriquecimento rápido. O primeiro nome da região gira em torno de várias especulações, prevalecendo, no entanto, o de Maria Joana, nome dado ao rio onde prolifera a lavra diamantífera. É homenagem prestada a Dª. Maria Joana, proprietária de uma grande fazenda, e que muito auxiliou aos primeiros garimpeiros. Seu nome foi tão reverenciado que deram o nome ao rio. A própria cidade lhe presta uma homenagem. Marilândia é termo de origem inglesa. Mary significa Maria e landia (land) é terra, ou seja: Terra de Maria - "Terra de Maria Joana". O antigo vilarejo de Maria Joana foi elevado à categoria de distrito através da Lei n.º 2.069, de 14 de dezembro de 1963, com território pertencente ao município de Diamantino. Sua identificação como centro urbano deve-se ao fluxo migratório de pessoas vindas dos Estados de Minas Gerais, Bahia e Santa Catarina, tendo seu impulso desenvolvimentista ocorrido entre os anos de 1962 e 1965. A padroeira é Nossa Senhora de Fátima, e o evento religioso em sua homenagem é comemorado a todo dia 17 de maio. É a maior manifestação popular e de mais tradição. A Lei n.º 5.900, de 19 de dezembro de 1991, de autoria do deputado Jaime Muraro, criou o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Nova Marilândia, com território desmembrado dos municípios de Arenápolis e Diamantino. Artigo 2º - O município ora criado é constituído de um só distrito, da Sede. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice e vereadores, realizada conforme a Legislação Federal." O primeiro prefeito municipal eleito foi o Sr. José Aparecido dos Santos, que tinha na condição de vice o Sr. Juvenal da Silva.