A região era primitivamente pelo povo indígena xavánte. Ainda hoje em dia uma parte da Área Indígena de Sangradouro abriga os remanescentes desse povo. Graças à sua posição geográfica estratégica, o território do município de Novo São Joaquim foi movimentado, a partir do século XVIII, via fluvial, por expedições de reconhecimento, mineradoras e científicas. A primeira que se tem de bandeirante na região remonta a 1676, quando Manoel de Campos Bicudo passou pelo Rio das Mortes, em busca das célebres Minas dos Martírios, pela região da barra do Rio Araguaia. Posteriormente a região foi trabalhada por seringueiros, sem, no entanto, se registrar fato de maior monta. O território do município de Novo São Joaquim também recebeu influência da colonização desenvolvida pela Fundação Brasil Central, sem que houvesse, entretanto, movimento colonizador pronunciado. A Lei n.º 4.322, de 29 de junho de 1981, criou o distrito de São Joaquim, no município de Barra do Garças. A Lei n.º 5.007, de 13 de maio de 1986, criou o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Novo São Joaquim, desmembrado dos municípios de Barra do Garças, Cuiabá e Nova Xavantina. Artigo 2º - O município criado é constituído de um só distrito, da Sede. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, de conformidade com a Legislação Federal." A instalação oficial deu-se no dia 01 de janeiro de 1987, com a posse do primeiro prefeito eleito, Sr. Jerônimo de Carvalho David. A denominação Novo São Joaquim é homenagem ao santo padroeiro do lugar. O termo "novo", foi acrescentado para diferenciá-lo de município homônimo.