A história do município está ligada à Guerra dos Emboabas, nos anos de 1708 e 1709. Segundo a tradição, os paulistas, para se vingarem dos mineiros que os perseguiam, roubam uma imagem de Jesus Crucificado ao passarem por São Bento do Tamanduá, atual Itapecerica. Ao chegarem no alto de um monte, viram-se cercados e, sem condições de fugirem com a imagem, escondem-na junto a uma pedra e partem. Muitos anos depois, a região passou a pertencer a dois coronéis da família Silva. A imagem foi, então, encontrada e ergueram uma capela na divisa das duas fazendas para abrigá-la. A capela foi construída toda em pedra pelos escravos, tendo os altares pintados a ouro. Logo correu a fama da "imagem milagrosa" e muitas pessoas se fixaram no local. O povoado cresceu e recebeu seu primeiro nome de Senhor Bom Jesus da Pedra do Indaiá. Em 1923, passou a se chamar Pedra do Indaiá. Foi elevado a município em 1962, emancipando-se de Itapecerica. Fonte: almg.gov.br