O município tem sua história calcada nas ações desenvolvidas por atividades garimpeiras na região dos rios Garças e Araguaia, que banham seu território. Os pioneiros do lugar foram famílias vindas de Goiás, Minas Gerais e nordeste brasileiro. Por um bom tempo toda esta região sofreu influência política de Goiás, que anexou vasto espaço territorial de Mato Grosso, ainda no início do século XX. Mais tarde, por decisão dos Superior Tribunal Federal, o Estado de Mato Grosso foi declarado detentor do território da margem esquerda do Rio Araguaia. A região também foi movimentada por ocasião da chamada Primeira Borracha, no final do século passado e começo deste. Os nordestinos, fugindo da seca, procuraram a região do Rio Araguaia para extração do látex e, eventualmente garimpar. Na região proliferava a mangabeira do cerrado, matéria da borracha. Atualmente este vegetal encontra-se em fase de extinção. Nesse tempo de garimpo efervescente nasciam corrutelas garimpeiras em diversos cantos do atual território do município de Pontal do Araguaia. A igreja católica foi a primeira instituição a contribuir socialmente com o antigo distrito de Pontal do Araguaia. Percebe-se que seus povoadores tinham a preocupação em preservar sua indentidade cultural, resistindo a nova leva de migrantes que chega ao município, notadamente de sulistas. O progresso estabeleceu-se com a criação da fronteira agrícola mato-grossense. As terras de Pontal, férteis, são um convite aos que lidam com agropecuária. Novas levas migratórias permitiam crescimento ordenado e sustentado por uma política social, cultural e econômica de suporte, a lhe granjear o direito à emancipação política e administrativa. A Lei n.º 5.097, de 20 de dezembro de 1991, de autoria do deputado estadual Roberto Cruz, criou o município: "Artigo 1º - Fica criado o município de Pontal do Araguaia, com território desmembrado do município de Torixoréu.... Artigo 2º - O município criado é constituído de um só distrito, o da sede... Parágrafo único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada de conformidade com a Legislação Federal." Nas eleições de 1992, a comunidade elegeu seu primeiro prefeito, o Sr. Waldemar Antônio Nogueira.