A origem histórica do município de Querência está ligada à saga de colonização gaúcha, que chegou ao sertão mato-grossense em data relativamente recente. O termo Querência advém do saudosismo do gaúcho, significando - morada, lar. É comum ouvir-se do povo pampeano a expressão "minha querência querida". O projeto de colonização do núcleo que originou o atual município de Querência deve-se a ação desempenhada pela Coopercana, que teve papel fundamental nos primeiros movimentos da região. Os primeiros moradores se instalaram na região a partir de 21 de maio de 1986. O surto maior de migração deu-se em 1987, com a maioria absoluta das famílias vindas do extremo sul brasileiro. Considerando-se o isolamento em que viveram os primeiros povoadores de Querência, desde o início do processo colonizador, com difícil acesso aos centros mais desenvolvidos do país, constituiu-se em verdadeira epopéia a sobrevivência de sua comunidade, que apesar de todos os obstáculos desenvolveu-se bem. A lei Municipal n.º 185, de 07 de agosto de 1991, criou o distrito de Querência com território jurisdicionado ao município de Canarana. Pouco tempo depois, no mesmo ano a Lei Estadual n.º 5.895, de 19 de dezembro de 1991, de autoria do deputado Lincoln Saggin e sancionado pelo governador Jayme Campos, criava o município: "Artigo 1º- Fica o município de Querência, com sede na localidade do mesmo nome, com área desmembrada dos municípios de Canarana e São Félix do Araguaia.... Artigo 5º - O município ora criado será instalado com a posse do prefeito, vice e vereadores, eleitos simultaneamente com os municípios já existentes. Artigo 6º - O município de Querência, no primeiro ano após sua instalação, terá participação percentual de 13,85% do município de São Félix do Araguaia." O primeiro prefeito eleito do município de Querência foi o Sr. Denir Perin, que teve como vice o Sr. Darci Tosati, por conta das eleições de 3 de outubro de 1992.