A região do município de São Félix do Araguaia era habitada por povos indígenas. Considerando-se território original do atual município, antes das perdas de áreas para a formação de novas unidades municipais, povos xinguanos habitavam a porção oestina, enquanto habitavam o leste, os povos indígenas tapirapé e karajá. Os povos xinguanos se encontram no Parque do Xingu, enquanto que os tapirapé e karajá foram recolhidos em áreas indígenas, em regiões que se avizinham. Por um tempo o povo indígena xavánte ocupou regiões do município de São Félix do Araguaia. Já no tempo da história escrita, o território que atualmente compõe o município de São Félix do Araguaia foi atingido por bandeiras paulistas, não acontecendo, no entanto, fixação de nenhum deles. Eram os primeiros sertanistas a buscar as Minas dos Martírios, historicamente situadas na região da barra do Rio Araguaia, na região do povoado denominado Martírios. Tudo indica que a primeira bandeira a chegar à região das Minas dos Martírios aconteceu de 1590 a 1593. A região também foi movimentada pela época da navegação do Rio Araguaia, no século passado. A denominação de São Félix foi dada a 20 de novembro de 1942, por ocasião da visita ao lugar do bispo Dom Sebastião Thomas Câmara. A invocação a São Félix provinha da necessidade do povo na conquista de uma terra povoada por um povo indígena, região de tensão social. São Félix era o santo protetor dos brancos contra os ataques indígenas. ." A Lei n.º 163, de 25 de outubro de 1948, criou o distrito de São Félix, no município de Barra do Garças. A Lei n.º 3.689, de 13 de maio de 1976, de autoria do deputado Cristiano Cortes, cria o município, alterando a denominação para São Félix do Araguaia, a fim de se distinguir esse município de um outro existente no Estado da Bahia, com denominação homônima. "Artigo 1º - Fica criado o município de São Félix do Araguaia, desmembrado do município de Barra do Garças, com sede na localidade do mesmo nome... Artigo 3º - Nos termos da Lei Complementar número 1, o município de São Félix do Araguaia será instalado no dia 31 de janeiro de 1977, com a posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores." O primeiro prefeito foi o Sr. Aldenor Milhomem da Cunha, tendo na vice Luíz Francisco Barros. A São Félix de hoje é cidade movimentada. O rio Araguaia, que era o único caminho, hoje é ponto turístico com suas praias de todos os tamanhos. Há cantos e recantos mágicos onde a beleza e a paz predominam, em colírios para os olhos e harmonia para a alma.. As ruas são com muito pouco asfalto ou bloquetes, mesmo assim é uma cidade que desponta para o progresso, principalmente o turismo; sendo habitada por um povo alegre e hospitaleiro que vive de bem com a vida que leva.