O município de São João D'Aliança teve sua origem vinculada à Fazenda Olhos D'Água, às margens do Córrego Capetinga, em Forte. Em 1910, era o Arraial Capetinga, constituído por algumas casas de capim, duas casas de telha e uma capela dedicada a São João Batista. Posteriormente, o arraial foi conhecido por São João da Capetinga. Em 1930, o povoado foi elevado à categoria de Vila e o nome foi substituído por São João D'Aliança. Pela Lei Estadual nº 793, de 6 de março de 1931, a sede do município de Forte foi transferida para a Vila de São João D'Aliança. Supõe-se que o nome seja em homenagem à Aliança Liberal, que triunfou em 1930. Em 1939, o município de São João D'Aliança foi extinto, anexando-se ao território de Formosa na qualidade de distrito, conservando, porém, a mesma denominação. Finalmente, 15 anos depois, pela Lei nº 954, de 13 de novembro de 1953, foi restaurada a sua categoria de município, instalado em 1º de janeiro de 1954. Após este período de transição, o município foi pouco a pouco reconduzido às suas atividades produtivas, alicerçadas no desenvolvimento da agropecuária e extração de manganês e, mais recentemente, pela grande concorrência de novos compradores de terra. Em 1944, a administração do município estava sob o comando de Francisco Magalhães Filho. Fonte: cnm.org.br