O território do município de São José do Xingu foi movimentado e habitado por povos indígenas denominados xinguanos. Estes povos encontram-se confinados no Parque Nacional do Xingu, em área vizinha ao município. A ocupação com fins de colonização deu-se a partir da fixação da nova fronteira agrícola brasileira - o Estado de Mato Grosso. Os incentivos fiscais permitiram que novas áreas fossem povoadas, aumentando o contingente populacional estadual e criando novas unidades de colonização. As primeiras famílias a se estabeleceram na região e a formarem o núcleo de povoação que deu origem ao município vieram de outros Estados, especialmente do sul brasileiro, numa supremacia de mais de oitenta por cento. A 19 de maio de 1974, chegaram as primeiras mudanças, nesta data comemora-se o dia de São José. A denominação do núcleo urbano emergente foi homenagem ao santo do dia e ao Parque Nacional do Xingu, vizinho da cidade. O efetivo povoamento intensificou-se a partir de 1976. A partir desta data verificou-se a chegada de inúmeras famílias de colonos. Fixaram residência e se iniciaram na atividade pecuária. No período que permaneceu como distrito do município de Luciara, a povoação de São José do Xingu alcançou um grau de desenvolvimento que lhe proporcionou sua emancipação. O município foi criado através da Lei Estadual n.º 5.904, de 20 de dezembro de 1991, de autoria do deputado estadual Hermes de Abreu e sancionada pelo governador Jayme Campos: "Artigo 1º - Fica criado o município de São José do Xingu, com área totalmente desmembrada do município de Luciara... Artigo 2º - O município ora criado é constituído de um só distrito, da Sede. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada conforme a Legislação Federal. O primeiro prefeito municipal eleito foi o Sr. Jerônimo Alves dos Santos Filho, que venceu as eleições .