A região do município de São José dos Quatro Marcos foi habitada pelo povo indígena bororó, também conhecido por Índios Cabaçais, denominação dada pelos paulistas. Hoje em dia o povo bororó, também denominado umutína vive confinado na Área Indígena Umutína, em Barra do Bugres. A área que compõe o território municipal de São José do Quatro Marcos era satélite de Vila Bela da Santíssima Trindade, nos tempos da Capitania de Mato Grosso. A criação do município tem origem nos modernos projetos colonizadores do Estado de Mato Grosso. O movimento colonizador moderno teve início por meio de legislação especial, a partir de 1946. O movimento na região de São José dos Quatro Marcos teve início como um desdobramento de atividades colonizadora na região. A denominação São José adveio do protetor escolhidos pela população. Em busca de terras boas plantio foram chegando famílias de São José do Rio Preto, Santa Fé do Sul e diversas outras regiões dos Estados de São Paulo, Minas Gerais e Paraná. A primeira missa foi celebrada em março de 1967, pelo padre Amadeu. Em 1968 concluiu-se a primeira estrada para Mirassol d' Oeste, facilitando o escoamento da produção de São José dos Quatro Marcos. Além da produção própria, provinda de afinco no trabalho do campo, a região toda crescia, favorecendo o crescimento conjunto. O Estado de Mato Grosso, vendo a segurança de um futuro para a região, criou o município de Mirassol d' Oeste e nesta nova unidade municipal criou o distrito de São José dos Quatro Marcos, através da Lei n.º 3.934, de 04 d outubro de 1977. Mais dois anos, e nascia o município, mas com a denominação simplificada para Quatro Marcos. Este fato deu-se através da Lei Estadual n.º 4.154, de 14 de dezembro de 1979, de autoria do deputado Aldo Borges e sancionada pelo governador Frederico Campos: "Artigo 1º - Fica elevado à categoria de município, com o nome de Quatro Marcos e distrito de São José dos Quatro Marcos, criado como unidade integrante do município de Mirassol d' Oeste, pela Lei n.º 3.934, de 04 de outubro de 1977. Artigo 2º - Nos termos da Lei Complementar Federal n.º 01, de 09 novembro de 1967, o município de Quatro Marcos será instalado no dia 31 de janeiro de 1981, com a posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores a serem eleitos a 15 de novembro de 1980." Mas o povo exigiu a alteração da denominação, no sentido de se acrescentar o nome de São José ao de Quatro Marcos. A Lei n.º 4.637, de 10 de janeiro de 1974, alterou a denominação de Quatro Marcos para São José dos Quatros Marcos.