O território do município de São Pedro da Cipa foi habitado pelo povo indígena bororó. Quando os paulistas iniciaram a preia indígena em terras mato-grossenses, no final do século XVII, depararam-se com índios desta nação - chamaram-nos de Porrudos - julgando que estes índios possuíam órgãos genitais de gigantescas proporções. Isto deveu-se ao uso comum, por parte do homem bororó, de um protetor genital. Na verdade defendiam-se das piranhas, que abundavam nos rios da região. Por isto, os paulistas deram o nome de Rio dos Porrudos ao Rio São Lourenço, que banha a sede municipal de São Pedro da Cipa. O território do município foi amplamente movimentado por conta de investidas garimpeiras. A região tem tradição garimpeira, pois o Rio Pombas é reduto de garimpagem há muito tempo. No início da exploração os aventureiros do garimpo tinham mais facilidade em suas atividades, pois os diamantes afloravam nas encostas e leitos de rios. No entanto, o lugar só teve povoamento consolidado, a partir da década de quarenta. Neste período o governo do Estado incentivava a colonização. As terras eram adquiridas a custo baixíssimo, desde que fossem implantados programas colonizadores. A região acompanhou o desenvolvimento do município de Jaciara. Nicola Rádica, italiano de nascimento e paulista por vocação, foi o grande pioneiro de São Pedro da Cipa. Encantou-se com as terras e matas banhadas pelo Rio São Lourenço e adquiriu terras na região. Rádica chegou ao Vale do Rio São Lourenço em 1949. Veio atraído pela intensa propaganda que se fazia das terras férteis e virgens do lugar. Fixou residência às margens do Rio São Lourenço, numa homenagem ao belo rio que banha a região. Formou-se então um pequeno povoado, às margens da rodovia que liga Rondonópolis à Cuiabá, nas proximidades de Jaciara. O primeiro nome que o núcleo recebeu foi Centro-Nápolis. Não pegou. Foi então que surgiu o nome de São Pedro da Cipa. São Pedro por ser o santo padroeiro da comunidade e Cipa e referência à companhia colonizadora que era dona das terras em que proliferou o atual município. As terras férteis atraíram muita gente à região. A Lei n.º 1.120, de 17 de outubro de 1958, criou o distrito de Pombas, em região eminentemente garimpeira. A 20 de dezembro de 1991, através da Lei Estadual n.º 5.906, de autoria do deputado estadual Hermes de Abreu foi criado o município. "Artigo 1º - Fica criado o município de São Pedro da Cipa, desmembrado dos municípios de Jaciara e Dom Aquino... Artigo 2º - O município criado é constituído de dois distritos, o da Sede e de Pombas. Parágrafo Único - O município somente será instalado com a eleição e posse do prefeito, vice-prefeito e vereadores, realizada de conformidade com a Legislação Federal." Em 03 de outubro de 1992, realizaram-se eleições municipais. Nesta ocasião foi eleito como primeiro prefeito do município de São Pedro da Cipa o Sr. Damião José Ferbônio, tendo como vice-prefeito o Sr. Ivo Martins Santana.